Da Anfang 2009 immer mehr Wünsche und Ideen zu weiteren Funktionen aufgekommen sind und dies in einem Excel-Formular nicht umsetzbar war, wurde das MatrixTool in ein eigenständiges Programm gewandelt. Dieses basiert auf der .NET 2.0 Plattform der Firma Microsoft und läuft auf allen Windows Betriebssystemen ab Windows 95. In dieser Version 2.0 konnte das erste Mal die Benutzersprache zwischen Deutsch und Englisch umgeschaltet werden. Außerdem gab es neue Funktionen wie das Speichern und Laden von Planungen, aber auch eine erste Variante des SerielOnline-Simulator wurde integriert.Die letzte Version 2.2.3.6 hatte einen stark erweiterten Funktionsumfang. Zu diesem gehört das Erstellen einer ersten Variante der Teileliste, die als Bild gespeichert werden kann.  Zudem gab es die Möglichkeit die Geschwindigkeit zu analysieren und Arrays zu planen. Eine weitere Neuerung ist die Integration der Produktserie Matrix200 und einer Hilfe.